Завершение операции «Фарватер», Стрелок с группой военных эвакуирован из Припяти. Вертолет совершает вынужденную посадку на Кордоне. Дожидаясь отправки с оказией на Большую землю, Стрелок соглашается сопровождать группу спецназа на озеро Янтарь, даже не подозревая о том, что он будет втянут в кровавую бойню.
По жанру, сюжет Апокалипсиса — жесткий экшн, где игроку  придется всегда быть наготове, любой разговор может закончиться стремительной перестрелкой, на нейтральных территориях его преследуют охотники, проклятый артефакт «Сердце контролера» притягивает мутантов...

Отправляясь на ЧАЭС за деталями для ремонта неисправной рации, лидер группы Поиск, сталкер по прозвищу Славен, еще не знает, что слова «не в то время и не в том месте» - как раз про него. Он оказывается в другой реальности, где две группировки, Апокалипсис и Н.А.Т.О., утверждают право Корпорации на Зону Полного Отчуждения, где за торговлю артефактами отрубают руки, а в небе и на земле — боевые машины под управлением искусственного интеллекта. Цель Славена — вернуться в свою реальность.

Третья, заключительная часть трилогии Апокалипсис — Долг. Философия Войны. Сталкер из группы Поиск, Толик Немцев, по прозвищу Немец, подписывает с подозрительным иностранцем контракт на розыск одного из троих пропавших сталкеров. Из-за этого ему приходится уйти из группировки и согласиться работать на службу Разведки-Контрразведки Долга. И очень быстро он втягивается в беспринципную игру своего непосредственного начальника, полковника Панцера.